En virtud a lo expresado en Decreto 763 de 2009, artículo 55, parágrafo 4º: “El Programa de Arqueología Preventiva es la investigación científica dirigida a Identificar y caracterizar los bienes y contextos arqueológicos existentes en el área de aquellos proyectos, obras o actividades que requieren licencia ambiental, registros o autorizaciones equivalentes ante la autoridad ambiental o que, ocupando áreas mayores a una hectárea, requieren licencia de urbanización, parcelación o construcción. El propósito de este Programa es evaluar los niveles de afectación esperados sobre el patrimonio arqueológico por la construcción y operación de las obras, proyectos y actividades anteriormente mencionados, así como formular y aplicar las medidas de manejo a que haya lugar para el Plan de Manejo Arqueológico correspondiente”.

El INCIVA cuenta en su planta de personal con dos profesionales egresados de la Universidad Nacional de Colombia como antropólogos y acreditados ante el ICANH, con amplia experiencia en arqueología y quienes durante  más de 18 años han  formulado  y ejecutado proyectos de investigación básica y aplicada además de la formulación y ejecución de “Programas de Arqueología Preventiva”,  lo cual establece un respaldo institucional y una garantía técnica de los productos que se ofrecen.

Igualmente el instituto cuenta con un equipo de más 50 investigadores asociados en el área de arqueología, etnohistoria, cartografía, historia, arquitectura, ingeniería y ciencias naturales, quienes apoyan la realización de proyectos multidisciplinarios que se  requieran en  la región.

El  INCIVA cuenta con el  Museo Arqueológico Calima, centro de investigación y divulgación creado en 1981 con escenario múltiple para el desarrollo de la investigación arqueológica en el Departamento del Valle del Cauca y otras regiones del Suroccidente y la difusión de los resultados a través de un moderno módulo de exposiciones y la revista institucional de carácter científico, Cespedesia.

El laboratorio de investigación arqueológica está dotado de equipos de excavación, flotamiento de suelos para recuperación de macrorestos (recipientes de flotamiento, tamices de diferentes calibres micrométricos), limpiador de ultrasonido (para restos orgánicos), microscopio, esteroscopio, lupa de ampliación, instrumentos de precisión para dibujo arqueológico, unidad  de sistemas, colecciones de referencia de arqueobotánica y zooarqueología, ceramoteca conformada por materiales provenientes de  excavaciones sistemáticas. Además de colecciones arqueológicas de diferentes regiones, centro de documentación especializado en arqueología del Suroccidente colombiano y material cartográfico.

También en el Museo de Ciencias Naturales Federico Carlos Lehman, se cuenta con un completo laboratorio de arqueología, en donde se desarrollan actividades técnicas e investigativas relacionadas con el quehacer arqueológico que desarrolla en instituto en Cali y municipios circunvecinos.

Entre los Programas de Arqueología Preventiva desarrollados por INCIVA desde la década de los 90, se han llevado a cabo más de medio centenar de estudios e  investigaciones relacionadas con las problemáticas arqueológicas del suroccidente de Colombia entre las que se destacan:

• Programa de arqueología preventiva proyecto Parcelación Campestre Forestal Club Corregimiento de Rozo, Municipio De Palmira-Valle Del Cauca. Fases prospección y formulación del Plan de Manejo Arqueológico. 2013.
• Programa de arqueología preventiva macroproyecto de  Interés Social Nacional Santa Fe, Municipio De Cali-Valle Del Cauca. Fases prospección y formulación del Plan de Manejo Arqueológico. 2013.
• Programa de arqueología preventiva proyecto Hundimiento Avenida Colombia, Cali- Valle del Cauca- fase de monitoreo y rescate, 2011-2014.
• Programa de arqueología preventiva proyecto vial Transversal El Libertador", carretera existente entre Gabriel López - Inzá - Guadualejo,  Pr 42 al Pr 109, de la ruta 2602.  Municipios de Totoró-  Inzá  Cauca. Fase de prospección, 2010.
• Programa de arqueología preventiva, prospección arqueológica en cinco puntos de extracción de materiales de arrastre: IGA-09281; HLM-10031; HLM-09581; HLM-10011; KHJ-09041 municipios de Buga, Yotoco, Andalucía y Trujillo, 2010.
• Programa de Arqueología Preventiva: rescate  arqueológico en los sectores 2 y 3, tramo 7 del proyecto vial construcción segunda calzada entre los corregimientos de Loboguerrero (municipio de Dagua) y Mediacanoa (municipio de Yotoco)- Valle del Cauca, 2010.
• Rescate arqueológico en el proyecto vial construcción, segunda calzada tramo Loboguerrero – Mediacanoa, Fase Prospección Arqueológica.
• Corregimientos de Loboguerrero, Municipio de Dagua y  Mediacanoa, Municipio de Yotoco,  2008.
• Prospección rescate y  monitoreo arqueológico proyecto  construcción Centro Nacional de Distribución  Unilever Andina Colombia Ltda. 2008.
• Reconocimiento, rescate y monitoreo arqueológico del proyecto Estadio del Deportivo Cali, corregimiento de Palmaseca, municipio de Palmira, Valle del Cauca. 2003-2005.
• Reconocimiento, rescate y monitoreo arqueológico Proyecto Centro Comercial  Llano Grande Shopping Plaza. Municipio de Palmira- Valle del Cauca,  2001-2004.
• Prospección Arqueológica en ocho municipios del Norte del Valle afectados por el terremoto del 25 de Enero de 1999. Convenio SECAB – FOREC – MINCULTURA  (Caicedonia, Sevilla, Alcalá, Ulloa, La Victoria, Obando, Bolívar y Argelia). 2000-2001.
• Prospección y Rescate Arqueológico Operación y Mantenimiento Gasoducto  de Occidente Mariquita - Cali. Predio San Pablo, Vereda El Vínculo, municipio de Buga 2001- 2002.
• Estudios arqueológicos zona de influencia del proyecto BRUT para abastecer de agua cruda a los municipios de Bolívar, Roldanillo, La Unión, Toro, Zarzal, La Victoria y Obando. (1999).
• Arqueología urbana al sur de Cali.  Municipio de Santiago de Cali, Valle del Cauca, 1996.
• Rescate Arqueológico en la línea del Gasoducto de Occidente (Mariquita - Yumbo), Ecopetrol. 1995 -1996.
• Prospección Arqueológica en el Corredor de la línea del proyecto -“Diseño de la línea de interconexión a 500 KV.  San Carlos (Antioquia)- San Marcos (Valle del Cauca). 1994.
• Rescate Arqueológico en la Línea de interconexión Eléctrica Pasto – Mocoa 1994.