En virtud a lo expresado en Decreto 763 de 2009, artículo 55, parágrafo 4º: “El Programa de Arqueología Preventiva es la investigación científica dirigida a Identificar y caracterizar los bienes y contextos arqueológicos existentes en el área de aquellos proyectos, obras o actividades que requieren licencia ambiental, registros o autorizaciones equivalentes ante la autoridad ambiental o que, ocupando áreas mayores a una hectárea, requieren licencia de urbanización, parcelación o construcción. El propósito de este Programa es evaluar los niveles de afectación esperados sobre el patrimonio arqueológico por la construcción y operación de las obras, proyectos y actividades anteriormente mencionados, así como formular y aplicar las medidas de manejo a que haya lugar para el Plan de Manejo Arqueológico correspondiente”.
El INCIVA cuenta en su planta de personal con dos profesionales egresados de la Universidad Nacional de Colombia como antropólogos y acreditados ante el ICANH, con amplia experiencia en arqueología y quienes durante más de 18 años han formulado y ejecutado proyectos de investigación básica y aplicada además de la formulación y ejecución de “Programas de Arqueología Preventiva”, lo cual establece un respaldo institucional y una garantía técnica de los productos que se ofrecen.
Igualmente el instituto cuenta con un equipo de más 50 investigadores asociados en el área de arqueología, etnohistoria, cartografía, historia, arquitectura, ingeniería y ciencias naturales, quienes apoyan la realización de proyectos multidisciplinarios que se requieran en la región.
El INCIVA cuenta con el Museo Arqueológico Calima, centro de investigación y divulgación creado en 1981 con escenario múltiple para el desarrollo de la investigación arqueológica en el Departamento del Valle del Cauca y otras regiones del Suroccidente y la difusión de los resultados a través de un moderno módulo de exposiciones y la revista institucional de carácter científico, Cespedesia.
El laboratorio de investigación arqueológica está dotado de equipos de excavación, flotamiento de suelos para recuperación de macrorestos (recipientes de flotamiento, tamices de diferentes calibres micrométricos), limpiador de ultrasonido (para restos orgánicos), microscopio, esteroscopio, lupa de ampliación, instrumentos de precisión para dibujo arqueológico, unidad de sistemas, colecciones de referencia de arqueobotánica y zooarqueología, ceramoteca conformada por materiales provenientes de excavaciones sistemáticas. Además de colecciones arqueológicas de diferentes regiones, centro de documentación especializado en arqueología del Suroccidente colombiano y material cartográfico.
También en el Museo de Ciencias Naturales Federico Carlos Lehman, se cuenta con un completo laboratorio de arqueología, en donde se desarrollan actividades técnicas e investigativas relacionadas con el quehacer arqueológico que desarrolla en instituto en Cali y municipios circunvecinos.
Entre los Programas de Arqueología Preventiva desarrollados por INCIVA desde la década de los 90, se han llevado a cabo más de medio centenar de estudios e investigaciones relacionadas con las problemáticas arqueológicas del suroccidente de Colombia entre las que se destacan: